香港海關竭力保護及便利合法的商貿活動，並且十分重視香港特別行政區的誠信營商形像。抽選貨物時，海關採用風險管理措施，確保將在各出入境管制站造成的干擾減至最少。為加快清關，海關採用了多個電子貨物清關系統，方便從事航空、陸路及海路貨運業的經營商預先遞交貨物資料。
航空
空運貨物清關系統提升了空運貨物的清關效率。空運貨物清關系統令海關可向合法的空運業務提供快速清關服務，但卻對香港特區的保安不會構成影響。
陸路
對於經陸路以貨車進出口的貨物，海關設立了道路貨物資料系統，讓已登記的付貨人或其貨運代理以電子方式預先向海關遞交貨物資料。跨境貨車司機更可於通過陸路邊境管制站時享用無縫清關服務，當司機駛達設於管制站的全自動清關設施後，系統會顯示訊息通知是否需要接受查驗。
海路
海關會向由遠洋輪船運載的海運貨櫃貨物的船運代理、貨櫃碼頭營辦商、貨倉經營商及收貨人發出扣留通知書，要求他們提交貨物艙單供海關查核。除傳統的紙張處理方法外，海關亦鼓勵承運人在貨物抵港前，透過電子貨物艙單系統遞交電子艙單。
海關亦可向由內河船運載的海運貨櫃貨物的收貨人、船運代理、貨櫃碼頭營辦商及貨倉經營商發出扣留通知書，要求他們將貨物移往收貨人、船主或船運代理指定的處所供查驗。
至於非貨櫃運載的海運貨物，海關會調派人員到船上或上落貨地點，例如公眾貨物裝缷區或浮標進行突擊搜查行動。船長或船隻代理人必須應海關的要求，就進口或出口貨物遞交艙單。