香港海關是世界海關組織及亞太經濟合作組織的成員。
世界海關組織是一個政府間組成的獨立機構，其宗旨是簡化和協調海關制度與程序、提升海關檢查技術、改善海關運作，以及促進各地政府的合作，從而推動國際貿易發展。世界海關組織將成員編入六個地區，而中國香港則屬於世界海關組織亞太地區區域的成員。
香港於1987年起加入世界海關組織成為會員。同年，世界海關組織成立首個區域情報聯絡中心，而香港海關則代表世界海關組織亞太地區管理該聯絡中心至1998年12月，協調區內的情報交流工作。香港海關於2000年開始擔任世界海關組織副主席（代表亞太區），為期兩年。在擔任副主席期間，香港海關代表亞太區成員出席世界海關組織會議，並協調制訂區域方案，以加強區域內的行動合作。一直以來，香港海關積極參與世界海關組織的活動和區域項目，並被選為世界海關組織政策委員會2011-2014年度的亞太區代表。於2024年7月，香港海關代表中國香港，再次獲選出任世界海關組織亞太區副主席，任期兩年至2026年6月。香港海關將繼續積極與區內成員交流聯繫，構建更緊密全面的夥伴關係，從而倡導及推動亞太區內海關的國際合作。
亞太經濟合作組織（亞太經合組織）在各政府之間提供一個平台，目的是讓亞太區內經濟體系以非官方形式就貿易與經濟問題交換意見。
香港海關於1993年3月起加入亞太經合組織，主要參與亞太經合組織貿易及投資委員會轄下海關程序小組委員會的事務。該委員會的主要目標是簡化和協調區域間的海關程序，確保貨物和服務能於區域內快捷及安全地流轉，並且協調和促進邊境管制。
為加強合作打擊跨境罪行，香港海關自一九九一年以來，先後與三十二個國家及地區，包括阿根廷、澳洲、比利時、柬埔寨、加拿大、斐濟、法國、格魯吉亞、印度、印尼、以色列、意大利、日本、韓國、老撾、中國澳門、馬達加斯加、馬爾代夫、墨西哥、蒙古、新西蘭、秘魯、新加坡、泰國、荷蘭、中華人民共和國、剛果共和國、俄羅斯、烏克蘭、英國、美國及越南的海關機構簽訂不具約束力的海關合作安排。
此外，香港特別行政區政府於一九九九年與歐洲共同體（現已改名為歐洲聯盟）簽訂具約束力的《海關合作協定》，旨在促進香港海關與歐盟成員國海關之間的合作。