海关为业界提供了空运货物清关系统，与香港国际机场内的空运货物营运商接轨。

空运货物清关系统的特点包括：

• 专为加快空运货物清关而设；
• 为海关及货运商提供直接系统介面联系，方便双方交换货物资料及海关清关指示；
• 提供一星期七天，一天24小时的服务；以及
• 涵盖各类空运货物的清关程序。

实施空运货物清关系统旨在达到以下效益：

• 营造公平竞争的环境；
• 便利贸易；
• 方便检索海关行动编码；以及
• 不受限制货物可快速清关。

在航空、远洋及内河货物方面，承运商可透过电子货物舱单系统，同时向香港海关、政府统计处及工业贸易署以电子形式提交货物舱单。详细资料，请参阅有关电子货物舱单系统的使用指南及小册子。

海关亦设立了海运货物预约网站，让收货人或他们的代表可以预约海关人员查验被扣留的海运货物。

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道路货物资料系统已于2011年11月17日正式全面实施。已登记的付货人或其授权的货运代理可以电子方式预先向海关提供道路货物资料。在新制度之下，跨境货车司机运载货物通过陆路边境管制站时可享用无缝及快捷的清关服务。