香港海关竭力保护及便利合法的商贸活动，并且十分重视香港特别行政区的诚信营商形像。抽选货物时，海关采用风险管理措施，确保将在各出入境管制站造成的干扰减至最少。为加快清关，海关采用了多个电子货物清关系统，方便从事航空、陆路及海路货运业的经营商预先递交货物资料。
航空
空运货物清关系统提升了空运货物的清关效率。空运货物清关系统令海关可向合法的空运业务提供快速清关服务，但却对香港特区的保安不会构成影响。
陆路
对于经陆路以货车进出口的货物，海关设立了道路货物资料系统，让已登记的付货人或其货运代理以电子方式预先向海关递交货物资料。跨境货车司机更可于通过陆路边境管制站时享用无缝清关服务，当司机驶达设于管制站的全自动清关设施后，系统会显示讯息通知是否需要接受查验。
海路
海关会向由远洋轮船运载的海运货柜货物的船运代理、货柜码头营办商、货仓经营商及收货人发出扣留通知书，要求他们提交货物舱单供海关查核。除传统的纸张处理方法外，海关亦鼓励承运人在货物抵港前，透过电子货物舱单系统递交电子舱单。
海关亦可向由内河船运载的海运货柜货物的收货人、船运代理、货柜码头营办商及货仓经营商发出扣留通知书，要求他们将货物移往收货人、船主或船运代理指定的处所供查验。
至于非货柜运载的海运货物，海关会调派人员到船上或上落货地点，例如公众货物装缷区或浮标进行突击搜查行动。船长或船只代理人必须应海关的要求，就进口或出口货物递交舱单。