收入

二零零五至零六年度，海關共收到76.77億元收入，比二零零四至零五年度下跌0.8%。二零零六至零七年度，海關共收到83.96億元收入，比二零零五至零六年度增加9.4%。二零零五至零六年度及二零零六至零七年度的收入摘要載於附錄八。二零零五至零六年度收入減少，主要是因為已完稅香煙數量減少引致煙草的稅項收入減少，以及因為汽油零售價格急升引致碳氫油類的稅項收入減少。二零零六至零七年度收入增加，主要是因為大部分進口品牌香煙的售價下調令已完稅香煙數量增加從而使煙草的稅項收入增加，以及因為經濟發展蓬勃令含酒精飲品的稅項收入增加。

開支

二零零五至零六年度，海關的總開支達18.02億元，比二零零四至零五年度減少2.8%，當中個人薪酬佔84.4%，部門開支佔14.7%，資本帳開支佔0.9%。開支減少的原因是由於二零零五年公務員減薪，部門刪減職位及資本帳項目所需的現金流量出現變動以致運作開支減少。

二零零六至零七年度，海關的總開支達18.53億元，比二零零五至零六年度增加2.9%，當中個人薪酬佔83.8%，部門開支佔16.0%，資本帳開支佔0.2%。開支增加的原因是由於開設新職位及為改善各管制站的過境設施而增加運作開支所致。部分增加的開支，因資本帳項目所需的現金流量減少而得以抵銷。

二零零五至零六年度及二零零六至零七年度的海關總開支摘要載於附錄九。

按綱領劃分，海關開支分布如下：

檢獲物品的管理

由於海關的執法行動迭創佳績，因此，管理和處置檢獲物品仍是海關的一項主要工作。在二零零五至零六年度及二零零六至零七年度，海關每年共有89 480平方米位於政府倉庫及約4 300立方米位於私營倉庫的庫存空間存放檢獲物品及車輛。海關在獲分配位於沙田的額外車輛扣留用地，以及交還位於啟德的車輛扣留用地作預定的重新發展後，至二零零七年年底海關位於政府倉庫的總庫存空間將為75 360平方米。

檢獲物品在充公後，會以拍賣或銷毀方式處置。在二零零五至零六年度及二零零六至零七年度，海關分別處置了約57 740及63 260項充公貨物，其中包括香煙、光碟、藥物、燃油、電腦設備、船隻及車輛，這兩年拍賣充公貨物的得益達4,090萬元。海關一直採取迅速行動，處置充公物品。