香港海關的首長為海關關長，由副關長協助處理部門事務。海關設有五個分處。各個分處分別由一名首長級人員掌管。該五個分處分別是：

• 行政及發展處；
• 邊境及港口處；
• 稅務及行動支援處；
• 情報及調查處；以及
• 貿易管制處。

行政及發展處由海關助理關長(行政及發展)掌管，負責有關海關部隊的整體人事管理、計劃籌劃和設備購置、向首長級人員提供智囊服務和行政支援服務、服務質素和管理審核、部門內務行政、財務管理、資訊科技發展和內部核數，以及管轄部隊行政科、策劃及發展科、服務質素及管理審核科、策略研究科、內務行政科、財務管理科、資訊科技科、內部核數組和新聞組。

邊境及港口處由海關助理關長(邊境及港口)掌管，負責保安局管轄範圍內與出入口管制有關的事宜，以及管轄機場科、邊境及口岸科和港口及海域科。

稅務及行動支援處由海關助理關長(稅務及行動支援)掌管，負責有關財經事務及庫務局管轄範圍內的應課稅品、國際海關聯絡和合作，以及員工培訓事宜，以及管轄應課稅品科、海關聯絡科、管理事務科、訓練及發展科、特別職務隊和投訴調查課。

情報及調查處由海關助理關長(情報及調查)掌管，負責保安局管轄範圍內有關毒品和反走私活動的事宜、工商及科技局管轄範圍內有關知識產權的事宜、制訂有關在海關行動中運用情報和風險管理的政策和策略，以及管轄海關毒品調查科、版權及商標調查科、情報科、稅收及一般調查科和特遣隊。

貿易管制處由高級首席貿易管制主任(貿易管制處處長)掌管，負責工商及科技局管轄範圍內有關貿易管制的事宜、經濟發展及勞工局管轄範圍內有關保障消費者的事宜。貿易管制處轄下科系包括緊貿安排及貨物轉運管制科、貿易視察科、貿易調查科、一般調查及制度科，以及檢控及消費者保障科。