香港海關已設立內部機制，處理公眾對海關的政策、程序、提供服務的水平，或屬下人員執行公務時操守的不滿。海關透過進行客觀及公正的調查，竭力提升為公眾提供的服務質素及水平。

投訴調查課監督為部門投訴主任，其職責是調查公眾投訴，並直接向海關助理關長(稅務及行動支援)負責。

海關設立的投訴調查及審核委員會，負責審查、覆核及通過所有公眾投訴調查的結果及建議，確保海關全面、公正、公平和有效率地調查每宗投訴。投訴調查及審核委員會由海關助理關長(稅務及行動支援)或海關助理關長(行政及發展)擔任主席，並有至少兩名主要科系主管出任委員。委員會每月至少召開一次會議。

海關亦設立投訴上訴委員會，負責審核上訴的理據，以及覆核投訴調查及審核委員會通過的調查結果及建議。投訴上訴委員會由副關長擔任主席，並有至少兩名首長級人員出任委員。投訴上訴委員會在有需要時召開會議，其決定為部門的最終決定。

為提供更佳的服務，海關已設立一條電話投訴熱線（8100 3553），為市民提供簡便直接的投訴途徑。在二零零五年，海關共接獲92宗口頭投訴，其中有85宗投訴個案是以調解方式處理，其餘的個案則採用調查方式處理。在二零零六年，海關共接獲97宗口頭投訴，其中有85宗投訴個案是以調解方式處理，其餘的個案則採用調查方式跟進。

根據統計數字，與市民經常有接觸的主要科系所接獲的投訴會較多，大部分投訴是不滿海關人員毆打、失職和工作態度欠佳。在二零零五及二零零六年，海關分別接獲106及91宗投訴。

二零零五年度已記錄的投訴有106宗，與二零零四年度的114宗比較，減少7%。經調查所有個案後，海關發現只有一宗投訴個案證明指控屬實，另有一宗則證明為部分指控屬實，投訴成立的比率約為2%。二零零六年度的已記錄投訴有91宗，比二零零五年度記錄的個案減少15宗，減幅為14%。在二零零六年經投訴調查及審核委員會審核的個案中，海關發現只有一宗投訴個案證明部分指控屬實，投訴成立的比率約為1%。海關已相應地對有關違紀人員進行輔導。有關毆打及恐嚇的投訴個案會轉交警方跟進調查。不過，在這兩年內並沒有該類投訴個案證明指控屬實。

以下圓形圖及數字顯示在二零零五年及二零零六年接獲投訴指控的性質及數目。

在二零零五年，投訴調查課為超過300名包括紀律人員職系及貿易管制主任職系的人員舉行14次簡介會，並為47名督察 職系及關員 職系人員舉辦兩個為期一天的衝突處理及談判工作坊。該工作坊由香港大學一名臨床心理學家主持。透過講座、角色扮演練習、真實個案分享及小組討論，有關的海關人員更能了解衝突的成因，並明白控制及化解敵意、調解及談判的技巧。

在二零零六年，投訴調查課人員為前線人員舉行14個簡介會。這些簡介會旨在向海關人員提供有關投訴個案的最新資料，加強了海關人員對公眾期望的意識。有關簡介會亦鼓勵 海關人員以積極、正面的態度處理投訴，並向他們介紹應付公眾投訴的較佳方法，以及讓他們互相交流經驗。

參加衝突處理及談判工作坊的人員正進行角色扮演練習。 投訴調查課人員為前線人員主持講座。

海關在二零零五及二零零六年分別出版了四期《投訴通訊》。《投訴通訊》的目的是透過向海關人員灌輸處理公眾投訴所需的知識和應持有的正確價值觀，避免類似投訴出現。每期《投訴通訊》都透過分享投訴的成因及處理投訴的技巧來帶出相關的信息，以建立處理投訴的正確觀念。

二零零六年，申訴專員公署高度讚揚海關為市民提供的服務和處理投訴的表現。版權及商標調查科的一名助理監督和投訴調查課的一名督察由於長期以來工作表現傑出，堪稱公務員的典範，因而獲頒二零零六年度“申訴專員嘉許獎”，以作表揚。