收入

二零零五至零六年度，海关共收到76.77亿元收入，比二零零四至零五年度下跌0.8%。二零零六至零七年度，海关共收到83.96亿元收入，比二零零五至零六年度增加9.4%。二零零五至零六年度及二零零六至零七年度的收入摘要载于附录八。二零零五至零六年度收入减少，主要是因为已完税香烟数量减少引致烟草的税项收入减少，以及因为汽油零售价格急升引致碳氢油类的税项收入减少。二零零六至零七年度收入增加，主要是因为大部分进口品牌香烟的售价下调令已完税香烟数量增加从而使烟草的税项收入增加，以及因为经济发展蓬勃令含酒精饮品的税项收入增加。

开支

二零零五至零六年度，海关的总开支达18.02亿元，比二零零四至零五年度减少2.8%，当中个人薪酬占84.4%，部门开支占14.7%，资本帐开支占0.9%。开支减少的原因是由于二零零五年公务员减薪，部门删减职位及资本帐项目所需的现金流量出现变动以致运作开支减少。

二零零六至零七年度，海关的总开支达18.53亿元，比二零零五至零六年度增加2.9%，当中个人薪酬占83.8%，部门开支占16.0%，资本帐开支占0.2%。开支增加的原因是由于开设新职位及为改善各管制站的过境设施而增加运作开支所致。部分增加的开支，因资本帐项目所需的现金流量减少而得以抵销。

二零零五至零六年度及二零零六至零七年度的海关总开支摘要载于附录九。

按纲领划分，海关开支分布如下：

检获物品的管理

由于海关的执法行动迭创佳绩，因此，管理和处置检获物品仍是海关的一项主要工作。在二零零五至零六年度及二零零六至零七年度，海关每年共有89 480平方米位于政府仓库及约4 300立方米位于私营仓库的库存空间存放检获物品及车辆。海关在获分配位于沙田的额外车辆扣留用地，以及交还位于启德的车辆扣留用地作预定的重新发展后，至二零零七年年底海关位于政府仓库的总库存空间将为75 360平方米。

检获物品在充公后，会以拍卖或销毁方式处置。在二零零五至零六年度及二零零六至零七年度，海关分别处置了约57 740及63 260项充公货物，其中包括香烟、光碟、药物、燃油、电脑设备、船只及车辆，这两年拍卖充公货物的得益达4,090万元。海关一直采取迅速行动，处置充公物品。