香港海关已设立内部机制，处理公众对海关的政策、程序、提供服务的水平，或属下人员执行公务时操守的不满。海关透过进行客观及公正的调查，竭力提升为公众提供的服务质素及水平。

投诉调查课监督为部门投诉主任，其职责是调查公众投诉，并直接向海关助理关长(税务及行动支援)负责。

海关设立的投诉调查及审核委员会，负责审查、覆核及通过所有公众投诉调查的结果及建议，确保海关全面、公正、公平和有效率地调查每宗投诉。投诉调查及审核委员会由海关助理关长(税务及行动支援)或海关助理关长(行政及发展)担任主席，并有至少两名主要科系主管出任委员。委员会每月至少召开一次会议。

海关亦设立投诉上诉委员会，负责审核上诉的理据，以及覆核投诉调查及审核委员会通过的调查结果及建议。投诉上诉委员会由副关长担任主席，并有至少两名首长级人员出任委员。投诉上诉委员会在有需要时召开会议，其决定为部门的最终决定。

为提供更佳的服务，海关已设立一条电话投诉热线（8100 3553），为市民提供简便直接的投诉途径。在二零零五年，海关共接获92宗口头投诉，其中有85宗投诉个案是以调解方式处理，其余的个案则采用调查方式处理。在二零零六年，海关共接获97宗口头投诉，其中有85宗投诉个案是以调解方式处理，其余的个案则采用调查方式跟进。

根据统计数字，与市民经常有接触的主要科系所接获的投诉会较多，大部分投诉是不满海关人员殴打、失职和工作态度欠佳。在二零零五及二零零六年，海关分别接获106及91宗投诉。

二零零五年度已记录的投诉有106宗，与二零零四年度的114宗比较，减少7%。经调查所有个案后，海关发现只有一宗投诉个案证明指控属实，另有一宗则证明为部分指控属实，投诉成立的比率约为2%。二零零六年度的已记录投诉有91宗，比二零零五年度记录的个案减少15宗，减幅为14%。在二零零六年经投诉调查及审核委员会审核的个案中，海关发现只有一宗投诉个案证明部分指控属实，投诉成立的比率约为1%。海关已相应地对有关违纪人员进行辅导。有关殴打及恐吓的投诉个案会转交警方跟进调查。不过，在这两年内并没有该类投诉个案证明指控属实。

以下圆形图及数字显示在二零零五年及二零零六年接获投诉指控的性质及数目。

在二零零五年，投诉调查课为超过300名包括纪律人员职系及贸易管制主任职系的人员举行14次简介会，并为47名督察 职系及关员 职系人员举办两个为期一天的冲突处理及谈判工作坊。该工作坊由香港大学一名临床心理学家主持。透过讲座、角色扮演练习、真实个案分享及小组讨论，有关的海关人员更能了解冲突的成因，并明白控制及化解敌意、调解及谈判的技巧。

在二零零六年，投诉调查课人员为前线人员举行14个简介会。这些简介会旨在向海关人员提供有关投诉个案的最新资料，加强了海关人员对公众期望的意识。有关简介会亦鼓励 海关人员以积极、正面的态度处理投诉，并向他们介绍应付公众投诉的较佳方法，以及让他们互相交流经验。

参加冲突处理及谈判工作坊的人员正进行角色扮演练习。 投诉调查课人员为前线人员主持讲座。

海关在二零零五及二零零六年分别出版了四期《投诉通讯》。《投诉通讯》的目的是透过向海关人员灌输处理公众投诉所需的知识和应持有的正确价值观，避免类似投诉出现。每期《投诉通讯》都透过分享投诉的成因及处理投诉的技巧来带出相关的信息，以建立处理投诉的正确观念。

二零零六年，申诉专员公署高度赞扬海关为市民提供的服务和处理投诉的表现。版权及商标调查科的一名助理监督和投诉调查课的一名督察由于长期以来工作表现杰出，堪称公务员的典范，因而获颁二零零六年度“申诉专员嘉许奖”，以作表扬。