香港海关的首长为海关关长，由副关长协助处理部门事务。海关设有五个分处。各个分处分别由一名首长级人员掌管。该五个分处分别是：

• 行政及发展处；
• 边境及港口处；
• 税务及行动支援处；
• 情报及调查处；以及
• 贸易管制处。

行政及发展处由海关助理关长(行政及发展)掌管，负责有关海关部队的整体人事管理、计划筹划和设备购置、向首长级人员提供智囊服务和行政支援服务、服务质素和管理审核、部门内务行政、财务管理、资讯科技发展和内部核数，以及管辖部队行政科、策划及发展科、服务质素及管理审核科、策略研究科、内务行政科、财务管理科、资讯科技科、内部核数组和新闻组。

边境及港口处由海关助理关长(边境及港口)掌管，负责保安局管辖范围内与出入口管制有关的事宜，以及管辖机场科、边境及口岸科和港口及海域科。

税务及行动支援处由海关助理关长(税务及行动支援)掌管，负责有关财经事务及库务局管辖范围内的应课税品、国际海关联络和合作，以及员工培训事宜，以及管辖应课税品科、海关联络科、管理事务科、训练及发展科、特别职务队和投诉调查课。

情报及调查处由海关助理关长(情报及调查)掌管，负责保安局管辖范围内有关毒品和反走私活动的事宜、工商及科技局管辖范围内有关知识产权的事宜、制订有关在海关行动中运用情报和风险管理的政策和策略，以及管辖海关毒品调查科、版权及商标调查科、情报科、税收及一般调查科和特遣队。

贸易管制处由高级首席贸易管制主任(贸易管制处处长)掌管，负责工商及科技局管辖范围内有关贸易管制的事宜、经济发展及劳工局管辖范围内有关保障消费者的事宜。贸易管制处辖下科系包括紧贸安排及货物转运管制科、贸易视察科、贸易调查科、一般调查及制度科，以及检控及消费者保障科。