現時大部分海關當局同樣需要一個靈活的機制，以應付複雜的國際供應鏈問題及執行相關的保安工作。長遠而言，香港海關需要為發展相互認可協議而按照國際標準推行「香港認可經濟營運商計劃」，亦可因應個別公司的業務模式、運作規模、風險概況及其他相關因素，具彈性地制定保安措施。
海關為配合業界的不同需要，為參與夥伴計劃的公司提供兩個級別的認可經濟營運商資格。海關將評估公司在符合既定的準則方面已達到的水平，並據此授予分級認證，準則列明如下：－
| 一般準則 | 第一級 | 第二級 |
|---|---|---|
| · 海關規定的信用證明 | √ | √ |
| · 備存良好的商業紀錄管理系統 | √ | √ |
| · 企業財務健全 | √ | √ |
| 保安及安全準則 | 第一級 | 第二級 |
|---|---|---|
| · 場所安全及進出管制 | √ | √ |
| · 人員安全 | √ | √ |
| · 貨物安全 | √ | √ |
| · 貨運工具的安全 | √ | √ |
| · 業務夥伴的安全 | √ | √ |
| · 保安教育及培訓 | √ | √ |
| · 資料交換、存取及保密性 | √ | √ |
| · 危機管理及事故復原 | - | √ |
| · 評鑑、分析及改善 | - | √ |
參與計劃的公司應該遵守這些認證準則列明的規定，以提升其保安措施及標準。為測試公司是否就參與認證計劃作好準備，公司須先根據這些既定的準則，對其內部政策和運作程序進行自我評估。海關人員收到申請文件後，將透過實地驗證確定該公司已推行有關安全措施及程序。