海關人員除了檢查文件外，亦會按不同需要出訪公司，以核實該公司在申請中概述的資料是否準確並已經實施。聯合評審是海關與業界的夥伴計劃的一部分，讓參加計劃的公司在海關人員協助下，檢討其保安概況。
評審過程包括核實公司有否因應計劃既定的準則執行供應鏈的保安程序及流程。海關會根據風險管理原則評估主要保安措施的可靠度及有效性，而在評審期間，海關亦會分享保障供應鏈的最佳作業方式。
香港海關進行評審前會先通知有關公司，如該公司有需要提交證明文件，亦會一併收到通知。此外，海關會視乎情況，選取該公司的商業夥伴進行評審。
海關會評估公司在符合認證準則方面所達到的水平，並在有需要時就須修正之處提供意見。認證過程需時多久，視乎該公司遞交至海關的資料的完整性、公司業務運作的複雜程度，以及進行聯合評審的場所數目。
獲認證為認可經濟營運商的本地公司將獲頒發證書，認證有效期為三年。