海關為業界提供了空運貨物清關系統，與香港國際機場內的空運貨物營運商接軌。

空運貨物清關系統的特點包括：

• 專為加快空運貨物清關而設；
• 為海關及貨運商提供直接系統介面聯繫，方便雙方交換貨物資料及海關清關指示；
• 提供一星期七天，一天24小時的服務；以及
• 涵蓋各類空運貨物的清關程序。

實施空運貨物清關系統旨在達到以下效益：

• 營造公平競爭的環境；
• 便利貿易；
• 方便檢索海關行動編碼；以及
• 不受限制貨物可快速清關。

在航空、遠洋及內河貨物方面，承運商可透過電子貨物艙單系統，同時向香港海關、政府統計處及工業貿易署以電子形式提交貨物艙單。詳細資料，請參閱有關電子貨物艙單系統的使用指南及小冊子。

海關亦設立了海運貨物預約網站，讓收貨人或他們的代表可以預約海關人員查驗被扣留的海運貨物。

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道路貨物資料系統已於2011年11月17日正式全面實施。已登記的付貨人或其授權的貨運代理可以電子方式預先向海關提供道路貨物資料。在新制度之下，跨境貨車司機運載貨物通過陸路邊境管制站時可享用無縫及快捷的清關服務。